История Тункинской долины тесно связана с монгольской историей.
Северная Монголия, в том числе Бурят-Монголия, – это ареал, к которому имели непосредственное отношение сам Чингисхан, его прародители и потомки. Следы присутствия монголоязычных народов в прошлом обнаружены во многих местах этой древней земли. Одно из таковых сакральных мест – природно-исторический объект, называемый «Престол Чингисхана» («Чингис хаанай шэрээ»). Этот огромный живописный валун размером 8x6x1,5 метра лежит у самого подножия одной из вершин Саянских гор, называемой Хандагайтын Ундэр, на высоком (метров десять) отвесном берегу Баруун Хандагайта на довольно ровном месте. При этом ни вдали, ни вблизи нет других камней, лежащих на поверхности или выступающих из земли.
К северу от Престола Чингисхана, на расстоянии 200 метров, почти сразу стеной поднимается склон горы. Это место издревле почитаемо, связанное с Чингисханом и его деятельностью. Считается, что он на самом деле восседал на этом троне, за этим «столом», исполняя ритуальные действия. Исключительное значение вкладывается в слово «шэрээ»: это не просто стол, а престол («хаанай шэрээ» – «ханский престол», «хаан шэрээдээ hуугаа» – «хан взошел на престол»). Об этом писал Агван Доржиев в автобиографии (в тибетском издании): «Место перед Мундаргой – то место, где в давние времена Чингисхан совершал обряды, посвященные духам гор, и которое позднее было благословлено появлением святых. Это наилучшее место. Местные горные духи предпочитают эту «белую сторону» и ясно проявили некоторые хорошие признаки их присутствия».
Все рассказы о Престоле Чингисхана можно было бы отнести в область фольклора, если бы не было других фактов, заставляющих серьезнее рассматривать этот феномен. Прежде всего, Тункинская здоровая (по климату) долина – транзитный путь монголоязычных народов, кочевавших от Байкала до Хубсугула – двух великих пресных озер мира. Именно здесь воины часто останавливались после тяжелых походов, чтобы дать отдых себе и коням, восстановить силы хрустально чистой водой аршанов Тунки. Здесь же, предполагают ученые, собирались они на сугланы для обсуждения важнейших вопросов.
В советское время местные жители трепетно хранили это место от посторонних глаз и не каждому путнику показывали туда дорогу. В 1990-е годы у Престола Чингисхана был возведен субурган в форме трехгранной пирамиды на квадратном основании, и с тех пор стали снова проводиться буддийские обряды. В двухтысячных годах сюда стали приезжать паломники и туристы со всего мира. Чтят и посещают это сакральное место экс-президент Монголии Цахиагийн Элбэгдорж и другие высокопоставленные лица братского государства, которые тем самым подчеркивают неразрывную связь между монголами и бурятами.
С именем Чингисхана связаны и другие места Тункинской долины, в том числе Нурайское обо (по преданию, этот холм – место захоронения коня Чингисхана), расположенное между местностью Хонгор-Уула и селом Охор-Шибирь.