Начиная с XVIII века, буддизм становится основной религией тункинских бурят. Первый буддийский храм «Дэчин Даржалинг» был построен в 1817 году в селе Кырен, и на протяжении почти 100 лет он был единственным буддийским храмом в Тункинской долине. В настоящее время он носит название «Тушита».

Спустя ровно 100 лет, в 1917 году, известным ученым, религиозным деятелем, просветителем Бурятии Цанид хамбо Агваном Доржиевым был основан второй дацан – Хойморский, или, как еще его называли, Хандагатайский – по наименованию этих живописнейших местностей. Возрожденный в 1990 годах буддийский храм, расположенный на курорте Аршан, теперь называется «Бодхидхарма».

Значимое место в жизни тункинцев занимает дуган «Бурхан-Баабай», возведенный в начале ХХ века по совету тибетского ламы Дармы Лочена при активном участии лам Кыренского дацана и жителей Тунки.

В начале XX века Лыгден Аржигаров, впоследствии ставший геше-лхарамбой и настоятелем «Гоман-дацана», одного из четырех великих монастырей Тибета, построил ритуальное сооружение – ступу у минерального источника Субургын Аршан, в пяти километрах западнее поселка Аршан, где ныне священнослужители совершают обряды.

Недалеко от села Жемчуг находится Ступа просветления «Жанчуп Шадон» со священными буддийскими реликвиями, а также вещами, принадлежавшими Агвану Доржиеву. Ее строительство было инициировано ДанзанХайбзун Самаевым, буддийским деятелем 1990 – 2005 годов, основателем религиозной организации «Майдар». Он же инициировал строительство комплекса сооружений у подножия Мунку-Сардык над рекой Белый Иркут, где проводится обряд поклонения Бурэн -хану, одному из пяти главных божеств культа тункинских гор наряду с Шаргай-Нойоном, Буха-Нойном, Хэрэнэ Тэбхэр, Улан хада.

Историко-этнографический музей в селе Хойтогол знакомит с бытом и культурой тункинских бурят. Здесь собраны предметы домашнего обихода, посуда, монеты, украшения и костюмы. Музей представляет собой традиционное жилище бурят – восьмистенную юрту (найман хантэ гэр).  

В 2003 году на территории комплекса Бурхан-Баабай была построена ступа долголетия «Намжал», посвященная подвигам Будды. Намжал – в переводе с тибетского означает «победа над демоном смерти».

В 2004 году при въезде в национальный парк построена ступа «Даши Гоман», что в переводе с тибетского языка означает «множество дверей счастья». Прообраз этой ступы был возведен в Индии в глубокой древности в память о трехкратном объяснении (трех поворотах Колеса Учения) Буддой своего Учения.  

Православные церкви

В 40 – 50-е годы XIX века архиепископ Нил в миссионерских целях начал активное строительство православных церквей и станов в Тункинской долине. В 1841 году принял крещение заседатель Тункинской Степной думы бурят Бордой Порушенов, и при его активном содействии в течение последующего года было окрещено около 800 человек. В 1845 году архиепископ Нил с генерал-губернатором Рупертом выразил желание учредить пустынь на горячем источнике Ихе-Угунь с воздвижением церкви во имя Нила Столбенского. По его распоряжению на Туранском источнике была сооружена часовня, а затем в 1848 году начато строительство церкви, завершенное в 1850 году. Это была первая церковь в Тункинском крае, построенная с миссионерской целью штатным миссионером священником Николаем Казанцевым.

12 церквей и 40 часовен насчитывалось на территории Тунки до 1930 года.   

В 1852 году было завершено строительство и освящение миссионерской Гужирской церкви во имя Святителя Николая Чудотворца. Это событие было отмечено крещением 158 человек. Священником новой миссионерской церкви был назначен протоиерей Николай Нилов Доржеев, крещеный бурят, занимавшийся переводом богослужебных книг и ведением служб на бурятском языке для привлечения местных жителей к православию и отвлечения их от буддизма, который занимал прочное положение.

В течение 1856 года после принятия тункинского тайши Хомаковым крещения в 1857 году по его примеру по всей Тунке перешли в «новую» веру 1250 человек. В том же году при Гужирской церкви начал свою работу миссионерский стан. В 1858 году деревянная Гужирская миссионерская церковь сгорела, в огне все церковные книги и документы были уничтожены. Для многих пожар стал предзнаменованием свыше о неугодности чуждой веры для бурят, предрекая несчастья и беды принявшим и желавшим принять «новую» веру. Количество желающих перейти в православие резко сократилось: в период с 1858-го по 1866 год в Тункинском ведомстве было окрещено всего 178 человек.

Новое двухэтажное каменное здание Гужирской церкви во имя Пресвятой Троицы было построено в стиле классицизма и освящено в августе 1866 года. Гужирская Троицкая церковь продолжила свою функцию в христианизации тункинских бурят, выполняя роль миссионерского центра всей Тункинской долины. Церковь шестипрестольная, имеет девять главков, которые венчают углы стен, крышу колокольни и апсид. Своеобразность архитектурной композиции здания, отсутствие прототипов таких храмов позволили включить его Постановлением Совета министров Бурятской АССР от 29 сентября 1971 года № 379 в список памятников истории и культуры местного значения наряду со зданиями церквей Тункинской (село Тунка), Свято-Иннокентьевской (село Кырен). В архитектурно-художественном отношении памятник представляет интерес оригинальностью композиционного решения, хорошими пропорциями и гармоничным соотношением частей целого.

Храм Покрова Пресвятой Богородицы в селе Тунка – это небольшая кирпичная церковь с декором, построенная в 1812 – 1820 гг. Прямоугольный в плане храм с купольной кровлей над четвериком, с северным Никольским пределом и деревянной звонницей, сооруженной в 1990-х, над входом. Петропавловская церковь в поселке Аршане была построена на курорте «Аршан» в 1915 году, а в 30-х годах ХХ века разрушена. Ныне существующая деревянная одноглавая церковь простой архитектуры построена в 1997 – 2002 годах с колокольней, пристроенной в 2008 году.